Az MLSZ versenybizottsága elkészítette a 2011-2012. évi Ligakupára benevezett sportszervezetek csoportbeosztását. A Rákóczi FC a B csoportba került, a Ferencváros, a Pécs és a Siófok társaságában.

A húsz sportszervezet csapatait öt csoportba osztották az alábbiak szerint.
 
A csoport
Győri ETO FC
Haladás Sopron Bank
Lombard Pápa Termál FC
ZTE FC
 
B csoport
BFC Siófok
Ferencvárosi TC
Kaposvári Rákóczi
Pécsi MFC
 
C csoport
Videoton FC
Gyirmót FC
Budapest Honvéd
MTK Budapest
 
D csoport
Kecskeméti TE-Ereco
Újpest FC
MVM Paks
Szolnoki MÁV FC
 
E csoport
DVTK
DVSC-TEVA
Mezőkövesd-Zsóry
Vasas-Híd