Edzőkeringőt járt a Rákóczi a 21. század első éveiben. Keszei Ferenc fél évet volt a zöld-fehérek edzője, 2002 nyarán távozott a kaposváriak kispadjáról. Irányításával a másodosztály nyugati csoportban a harmadik helyen végzett a Rákóczi, ami a korábbi évekhez képest jónak számított. Közben Prukner László az U19-es csapat vezetőedzője megnyerte a fiatalokkal az NB I/B-s labdarúgó bajnokságot a 2001/2002-es szezonban. Annak a csapatnak tagja volt többek között Bank István és Jovánczai Zoltán is. Ez a generáció volt a második része annak a szinte teljesen saját nevelésű kaposvári csapatnak, amely a későbbiekben nagy siker részese lett. Az idősebb Petrók Viktor edzette U19-es kaposvári ifjúsági gárdából, amely az NB I-es utánpótlás bajnokság 7. helyén végzett 1998-ban, olyan játékosok kerültek ki, mint Balajcza, Finta, Petrók, Máté, Tóth Balázs és Rajczi, akik rövid időn belül a Rákóczi nagycsapatának oszlopos tagjaivá váltak – kisebb kitérőkkel. Kezdett tehát valami körvonalazódni a patinás zöld-fehér klubnál.

A 2002/2003-as szezont Kovács Kálmán vezetőedzővel kezdte a csapat. Két új fiúval gazdagodott a keret, Kovácsevics Róberttel és Farkas Norberttel. Mindketten a Marcali együtteséből érkeztek Kaposvárra. Az első bajnokit a Celldömölk otthonában kezdte a Rákóczi és 3-2-re kikapott. Kovács Kálmán a Házi-Mező, Csík, Petrók (Nagypál), Finta, Tóth G. (Tóth B.), Máté, Horváth Z. (Marcsek), Madar, Anghel, Rajczi alkotta csapatnak szavazott bizalmat. A bajnoki szezon felénél 2003 januárjában – a változatosság kedvéért – ismét visszatért Keszei Ferenc Kaposvárra és hozta magával a brazil Andrét, a vajdasági Andruskót, valamint az FTC támadóját, Horváth Pétert is. A tavaszi nyitány is vereséggel kezdődött, és újabb nyögvenyelős mérkőzések következtek. Az utolsó három mérkőzést már nem várta meg Keszei Ferenc edző, helyét Prukner László vette át. Rövid idő állt a rendelkezésére, de mindhárom meccsen győzelemre vezette a Rákóczit, a Tatabánya (3-1), a Monor (6-0), és a Bük ellen (1-2). A büki találkozó külön kuriózum volt, hisz a bajnokaspiráns otthonában nyert a Rákóczi.

A 2003/2004-es szezont Prukner Lászlóval a kispadon kezdte a Rákóczi, és baljós előjelekkel. A csapat elvesztette támadósorát a nyár folyamán. Az NB I/B gólkirálya Rajczi Újpestre, Horváth Péter a Honvédhoz, Jéger Imre pedig Dombóvárra igazolt. A román támadó Catalin Anghel is elhagyta a csapatot, akárcsak a sokat robotoló Tóth Gábor és Lassú József. Az együttes felkészülési mérkőzésein 5-0-ra kikapott a Pécstől, 6-0-ra a ZTE-től. A szurkolók még a másodosztályban maradást is megkérdőjelezték a csapatnak. Prukner László és játékosai azonban hittek magunkban. Igaz, ehhez kellett a vezetőség segítsége is, hisz az átigazolási időszak utolsó napjaiban leigazolták Szolnokról a támadósor megerősítésére Oláh Lórántot, Szombathelyről Balassa Pétert, Debrecenből pedig Dávid Zoltánt. Oláh és Balassa megszerzése mestermunka volt. Hogy miért? A későbbiekben kiderül.

A 2003 őszét jól kezdte a Rákóczi, az újonc Vác ellen idegenben Andruskó Attila 22 méterről eleresztett bombájával 1-0-ra nyert. A csapat játékoskerete alaposan megváltozott a tavalyihoz képest. A mieink a Balajcza-Mező, Máté, Barna-Farkas, Tóth B., Nagypál, Bank, Andruskó (Horváth Z.), Jovánczai (Dávid), Oláh összeállításban játszottak. A győzelmet két 3-1-es vereség követte a Honvédtól, majd a Szegedtől. Ezeket a találkozókat is idegenben vívta a Rákóczi, mivel készült az új gyepszőnyeg a Pécsi utcában… Az első hazai mérkőzésre a negyedik fordulóban került sor, mikor a Cseri úton 3-1-re verte meg a Dabas FC-t a Prukner-gárda. Ezt követte a Bodajk (és játékvezetők) elleni 3-2-es idegenbeli vereség, majd egy értékes pontot szereztünk Nyíregyházáról, és egy bravúros győzelmet arattunk hétközi derbin a Vasassal szemben – Oláh 35 méterről kapásból lőtt hatalmas gólt. A REAC ellen is tartott a zöld-fehér lendület, hisz 2-0-as sikert aratott az együttes itthon, ám a papíron jóval gyengébb BKV Előrétől elkerülhető 3-2-es vereségedet szenvedtünk a fővárosban. A Cseri út azonban továbbra is szerencsét hozott, mivel a Dunaújváros is kapitulált 3-1 arányban azon a pályán, amelyen a nagy részben sajátnevelésű csapat tagjai „felnőttek”. Balassagyarmaton balszerencsés 1-0-as hazai sikert hozott a soron következő bajnoki forduló, a Cseri úti oroszlánbarlang azonban a Diósgyőrnek is bevehetetlen maradt (2-1, ide). Két idegenbeli döntetlen jött ezután, fájó 0-0 Hévízen és mérgelődős 1-1 Szolnokon. Aztán költözött a Rákóczi, vissza a Pécsi úti Stadionba, és az első villanyfényes mérkőzését játszotta, a Pápa gárdája ellen. A reflektor-premier kínosra sikeredett – igaz, nem a Cseri pályán – a pápaiak 1-0 nyertek Kaposváron, ezzel odalett a Rákóczi hazai veretlensége. Gondolták a pápaiak… Az őszi szezonból két találkozó volt még hátra, Prukner László együttese egy kecskeméti 1-1-es döntetlennel, és a Tatabánya elleni 3-1-es hazai sikerrel fejezte be a félévet.

A Rákóczi sikerszériájának alapját a véletlenek szerencsés egybeesése adta. Volt egy sikerre éhes fiatal csapat (ez azért nem véletlen), egy jókor jött Pápa elleni „borítékos” három pont, valamint egy számunkra remek MLSZ döntés, ami az NB I létszámának megemelése volt (1-4. helyezettek automatikusan feljutottak az élvonalba), na meg a Bali-féle Polar órák… A Prukner-csapat a télen úgy készülhetett a tavaszra, hogy ismét nem volt normális pályája edzésre (a Rákóczi Stadion játéktere botrányossá vált). Oláhék amiatt is izgulhattak még ekkor, hogy a 10. vagy 4. pozícióból folytatják-e a bajnokságot, ennek oka az a bizonyos őszi Pápa meccs volt. A zöld-fehérek leleményes vezetői turpisságot vettek észre a vendégek összeállításában, és hosszú ideig tartó hercehurca után, az óvást követően, jogosan megkapták a pápai „elcserélés” miatti három pontot a mieink. A kaposvári szempontból kedvező döntés december közepén lett jogerős. A Rákóczi ezáltal hatalmas lökést kapott és egy olyan csodálatos tavasz következett a csapat életében, amelyet utoljára 1987-ben élhetett át a nagy múltú somogyi egyesület.

2004. március 13-án, szombaton kezdte volna a tavaszt a Rákóczi, méghozzá az éllovas Budapest Honvéd ellen, hazai pályán. A gyepszőnyeg azonban nem volt játékra alkalmas. Talán jobb is volt így!? Végül, a Szegeddel játszotta első tavaszi bajnokiját a Rákóczi és 4-3-ra kikapott a Rákóczi Stadionban, Dabason azonban Jovánczai belőtte első felnőtt bajnoki gólját, amivel nyertek a mieink. Két nagyon fontos hazai derbi következett, az egyik a Bodajkkal szembeni 3-0-s siker, a másik pedig a hétközi rangadó, talán az „ÉV meccse”, a toronymagasan listavezető Budapest Honvéd elleni találkozó.

Kaposvári Rákóczi – Budapest Honvéd 1-0 (1-0)
Rákóczi Stadion, 1500 néző V.: Ábrahám A.
Rákóczi: Balajcza-Finta, Balassa, Petrók – Farkas N., Bank, Máté, Andruskó (Nagypál 75.p.), Tóth B.-Oláh (Vizdár 85.p.), Jovánczai (Galgóczy 75.p.). Vezetőedző: Prukner László
Gólszerző: Oláh (8. percben, Andruskótól kapott labdát a 16-oson belül, amit mellre vett, majd 12 méterről a rövid felső sarokba lőtt)
Prukner László: Ez jó mulatság, férfimunka volt!

A Honvéd utáni diadalt követően a Vasassal meccselt a Rákóczi a Fáy utcában. A kaposváriak a 96. percig 1-0-ra vezettek, de a játékvezető egyenlített… Nem szegte kedvét az igazságtalanság a Kaposvárnak, és a REAC vendégeként 3-1-re győzött, amelyet újabb két megnyert mérkőzés követett, 1-0 itthon a BKV ellen, majd egy idegenbeli skalp Dunaújvárosban (0-2). Közben EU tagok lettünk, ezt a Balassagyarmattal egy békés 0-0-s döntetlennel ünnepeltük meg a Rákóczi Stadionban. A gyarmati meccs előtt, szerdán hatalmas rangadónak lehettek szemtanú a kaposvári drukkerek. A szintén feljutásért ácsingózó Nyíregyháza látogatott a Rákóczihoz, és Andruskó Attila sarkazásos csodagóljával az emlékezetükben térhettek haza a szabolcsiak, természetesen nulla ponttal a zsákban. A szegedi 3-4 óta tartó veretlenségi sorozat Diósgyőrben szakadt meg, ahol egy nagyon nagy mérkőzést játszottunk, de 2-1 arányban alulmaradtunk a borsodiakkal szemben. A következő hét szerdáján a Hévíz alaposan megjárta Kaposváron (6-0), és elérkezett 2004. május 15-e, a nagy nap, amely feledtette velünk az elmúlt tizenhat év sóvárgását – a tizenhetedikben még NB I-ben szerepeltünk (1987/88).

Kaposvári Rákóczi-Szolnok 2-0 (1-0)
Kaposvár, Rákóczi Stadion 2200 néző V.: Arany
Rákóczi: Balajcza-Finta, Nagypál, Mező-Farkas N. (Kovácsevics 69.p.), Bank, Máté, Andruskó, Tóth B.-Jovánczai (Galgóczy 68.p.), Oláh (Vizdár 88.p.). Vezetőedző: Prukner László
Gólszerzők: Oláh 22.perc, Andruskó 85. perc.
Prukner László: Jó reggelt, szép napot Kaposvár!

A csapat összes tagja nyilatkozott a feljutás utáni másodpercekben egy-egy mondatot arról, mit érez:
Anruskó Attila: Ezt nem tudom szavakba önteni!
Balajcza Szabolcs: Kis időnek biztos el kell telnie, hogy igazán felfogjuk. Megérte együtt maradnia ennek a csapatnak.
Balassa Péter: Ez a „közösség” megérdemelte a feljutást! És hosszú távon is lehet NB I-es csapat Kaposváron.
Bank István: A lefújás után az égbe tudtam volna ugrani. S mindezt húszévesen megélni…!
Barna László: Nagyon örülök, hogy feljutottunk!
Farkas Norbert: Csodálatos érzés! Ha minden összejön, akkor ezek szerint újra az NB I-ben játszhatok! Ezért is szerződtem Kaposvárra, de az ezüstért nagyon meg kell még harcolni.
Finta Zoltán: Nem tudatosult, még el sem akarom hinni! Csak majd, ha az első NB I-es meccsre kifutunk.
Galgóczy Károly: Beteljesült az álmom, NB I-es játékos lettem! És még az érettségi is sikerült, eddig…
Házi László: Ezért a pillanatért megérte itt szenvedni kilenc évet. Bár, ez a mai dolog ott kezdődött, hogy akkor Demecserben nem estünk ki a másodosztályból.
Horváth Zoltán: Gratulálok a csapatnak ehhez a gyönyörű sikerhez!
Huzmi Gábor: Nagyszerű élmény! Alig hiszem el, hogy a Rákóczi 17 év után ismét NB I-es lett!
Jovánczai Zoltán: Mindenkinek nagy öröm ez, játékosnak, szurkolónak.
Kovácsevics Róbert: Ismét a legjobbak között játszhatunk!
Máté Péter: Fel sem fogjuk még, bár a meccs előtt tudtuk, ha nyerünk, NB I-esek leszünk. Bejöttek a Polar-órás edzések.
Mező Tamás: Nagyon vártam már, hogy kaposvári csapatban is NB I-es lehessek! Örülök, hogy zömében kaposvári játékosoknak sikerült ez! A feljutást kisfiamnak ajánlom!
Nagypál Tibor: Szinte hihetetlen! Még az öltözőben is úgy tűnt, hogy „csak” egy meccset nyertünk meg. Kell még pár hét, hogy feldolgozzuk.
Oláh Lóránt: A csapat egysége miatt sikerült! Nagyon örülök, hogy az NB I-ben játszhatok!
Pap Máté: Ez egy akkora élmény, ami egy fiatal játékos életében csak egyszer adódhat!
Petronovics Péter: Egyértelműen a csapat sikere ez, örülök neki, hogy ilyen fiatalon részese lehettem!
Petrók Viktor: Megérte az embernek ennyit dolgozni eddigi életében, hiszen mindenki azért küzd, hogy első osztályú játékos lehessen. Apámnak ez háromszor sikerült.
Tóth Balázs: Végre! Végre, a mi generációnk is meg tudta mutatni, hogy fel tudunk kerülni! Nagyszerű dolog az is, hogy a lelkes közönségünk és a város is NB I-es meccseket nézhet!
Vizdár Zsolt: Sikerült! Egy álom valóra vált!

Valóban, egy álom vált valóra! Három fordulóval az NB I/B-s bajnokság vége előtt az élvonalba jutott a Rákóczi. A nagy ünneplést követően Pápán egy 2-1-es vereség következett, Kecskeméten 2-0-ra nyert a csapat, majd az ezüstéremért győznie kellett volna Tatabányán. A 86. percig 2-1-re vezetett a Rákóczi a bányászvárosban, ám a hazai egyenlítő góllal a bajnoki ezüst elúszott, de ez akkor már senkit nem érdekelt!